Zasada in dubio pro tributario była znana w polskim systemie prawa podatkowego jako norma konstytucyjna. Z dniem 1 stycznia 2016 r. zasada in dubio pro tributario została uznana za jedną z ogólnych zasad postępowania podatkowego, uzyskując status ustawowej dyrektywy interpretacyjnej. Formalne uznanie jej za jedną z zasad ogólnych polskiego prawa podatkowego, zdaniem projektodawców miało zwiększyć ochronę praw podatnika, na którym to w praktyce spoczywa obecnie ryzyko wiążące się z brakiem precyzji w redagowaniu ustaw podatkowych. Na tym tle rodzi się jednak pytanie, czy założenia przyjęte na etapie prac legislacyjnych były prawidłowe, a także czy sformalizowanie zasady in dubio pro tributario w kształcie, jaki został jej nadany przez projektodawców art. 2a o.p., rzeczywiście może wzmocnić ochronę praw podatnika, w tym poprzez zwiększenie jego bezpieczeństwa prawnego.

Z dniem 1 lutego 2015 r. do Kodeku postępowania karnego wprowadzony został nowy art. 168a, formułujący prawne podstawy wykluczenia z postępowania karnego dowodu pozyskanego w drodze przestępstwa. Niemniej, na podstawie ustawy zmieniającej z dnia 11 marca 2016 r. regulacja ta została przeredagowana w taki sposób, iż dopuszczalność przeprowadzenia dowodu pozyskanego na skutek naruszenia prawa staje się zasadą postępowania karnego. W ujęciu aksjologicznym taka zmiana może być postrzegana jako zgoda prawodawcy na posługiwanie się dowodami zdobytymi w nielegalny sposób.

Zakres zastosowania wyrażonej w art. 5 § 2 k.p.k. reguły in dubio pro reo, a to czy znajduje on zastosowanie jedynie do wątpliwości natury faktycznej, czy także natury prawnej, należał do kwestii zasadniczo spornych już na gruncie ustawy karnoprocesowej z 1969 r. (wówczas art. 3 § 2). Wyjaśnić przy tym należy, że choć piśmiennictwo od lat jest tu podzielone, to zwłaszcza współczesne orzecznictwo zdaje się iść w jednym kierunku – iż zapisana tu reguła stanowi podstawę rozstrzygania tych niedających się usunąć wątpliwości, które dotyczą zarówno treści ustaleń faktycznych, jak i wykładni prawa. Wchodząca w życie z dniem 1 lipca 2015 r. nowelizacja procedury karnej spór ten ma jednak zakończyć. Poprzez wskazanie, że na korzyść oskarżonego rozstrzygać się będzie „wątpliwości, których nie usunięto w postępowaniu dowodowym”, zakres zastosowania art. 5 § 2 k.p.k. ulec ma zawężeniu jedynie do sfery faktów. W uzasadnieniu projektu ustawy nowelizującej wyczytać można właśnie, że: „nowym brzmieniem art. 5 § 2 k.p.k. ustawodawca przesądzi także, iż podlegające rozstrzygnięciu na korzyść oskarżonego wątpliwości dotyczyć mogą jedynie kwestii dowodowych, a nie prawnych, co dotąd było rozmaicie ujmowane zarówno w doktrynie, jak i w orzecznictwie”.